市林业园林局设16个内设机构：
（一）办公室。负责文电、会务、督办、机要、档案等机关日常运转工作。承担政务公开、宣传教育、中心组学习、局机关固定资产、后勤管理等工作。负责局机关和指导局属单位计划生育、爱国卫生等工作。
（二）财务审计处。组织编制林业和园林部门预算并组织实施。组织编制年度部门决算和财务报告。负责统筹局机关和局属单位计划财务、政府采购、国有资产管理和绩效评价工作。负责组织局系统工程建设项目概算和财政投资评审工作。负责局机关财务核算和管理工作。负责局系统内部审计和资金专项检查工作。负责资金统计工作。
（三）政策法规处（审批管理处）。负责行政立法工作，组织拟订林业和园林绿化的法规、规章草案及审核行政规范性文件。负责执法监督工作。规范行政执法自由裁量权，指导、监督林业和园林行政执法工作。负责行政复议、行政诉讼、法治宣传教育工作。负责组织实施本部门行政审批制度改革工作。组织办理本部门的行政审批和备案事项。负责局对外政务窗口的管理。
（四）规划设计处。组织编制林业和园林绿化中长期发展规划、实施计划，统筹管理各类专项规划。负责林业和园林绿化多规合一。统筹管理林业和园林建设、政府投资项目，统筹局系统林业和园林建设工程的立项工作，组织编制局系统年度投资计划。负责统筹林业和园林绿化工程建设方案联审，组织初步设计审批。负责城乡绿化和林业生态建设专项调研。负责行业统计工作。
（五）园林工程处。编制园林绿化工程规划和年度计划。组织实施重点园林绿化工程建设任务。负责园林绿化行业招投标管理。负责园林绿化行业诚信管理。组织编制园林绿化工程建设规程及标准并监督实施。负责园林绿化工程质量安全监督、验收工作。组织、协调重大活动的绿化美化及环境布置工作。
（六）营造林管理处。指导、监督、管理林业生态修复工作，组织实施重点生态保护修复工程。编制植树造林、封山育林、林分改造、退耕还林规划并组织实施。组织指导生态公益林划定。指导统筹生态公益林和防护林的保护、建设和管理。指导商品林培育。指导国有林场规划建设、林木采伐等业务管理工作。指导、监督林区公路建设和管理。
（七）森林资源管理处。组织指导森林资源动态监测与评价、林地变更调查及森林资源档案更新。组织指导编制林地保护利用规划，监督林地保护开发利用。承担全市建设项目使用林地审核、审批工作。组织、指导编制森林经营规划和森林经营方案并监督实施。组织、编制、实施森林采伐限额并监督执行，指导监督林木凭证采伐、运输工作。组织指导林业工作站、木材检查站、护林员队伍的建设和管理。
（八）野生动植物保护处。组织开展野生动植物资源调查和资源状况评估。监督管理全市野生动植物保护和开发利用工作。查处违反野生动植物保护法律、法规的违法行为。组织指导野生动植物的救护繁育、栖息地恢复发展、疫源疫病监测。监督管理野生动植物种质资源保护，开展濒危野生动植物等国际公约履约和生物多样性保护相关工作。负责林业和园林有害生物防治规划并组织实施。负责林业和园林有害生物防治检疫管理工作。负责植物检疫管理方面的行政处罚、行政强制、行政征收、行政检查以及核发《森林植物检疫证书及检疫要求书》等具体行政管理职责。负责市林业园林有害生物灾害防治指挥部日常工作。
（九）自然保护地管理处。监督管理国家公园、自然保护区、风景名胜区、自然遗产、地质公园、森林公园等各类自然保护地，组织实施自然保护地生态修复工作。指导自然保护地的建设和管理。负责全市自然保护地总体规划的编制，拟订管理标准和规范并组织实施，负责生态保护红线划定和管理。负责风景名胜区行政处罚工作。指导全市湿地保护工作，组织实施湿地生态修复、生态补偿工作，管理国家和省市重要湿地，指导建设湿地公园，监督管理湿地的开发利用。开展湿地国际公约履约相关工作。
（十）公园管理处。负责本市公园的行业管理，依法承担相关的行政许可、行政处罚工作。组织编制公园发展规划，并监督实施。拟订公园管理标准和规范，监督和指导公园的建设和管理。参与公园规划设计方案的审核。组织开展公园资源调查、评估等工作。举办花事活动，打造品牌花事文化。
（十一）绿化管理处（广州地区绿化委员会办公室、市绿道建设管理办公室）。负责城市绿地养护、绿化应急抢险等监督管理，负责城市绿地、树木的行政许可、行政处罚，统筹、指导和组织全市立体绿化、乡村绿化美化等工作。承担广州地区绿化委员会的日常工作，贯彻落实有关国土绿化的法律法规和政策，组织开展国土绿化的宣传发动和科普教育工作，组织协调和监督检查广州地区全民义务植树活动，古树名木的保护管理，对居住区、单位（部门）绿化进行行业指导。负责花园式（园林式）单位、住宅小区等创建评比工作。贯彻执行绿道建设管理有关政策法规。统筹全市绿道工作，指导各区及相关单位开展绿道建设、维护、运营等工作。制定全市绿道相关规范及标准。开展和引导绿道宣传推广工作。
（十二）改革和产业发展处。承担集体林权制度、国有林场等改革相关工作。拟订林业产业发展政策并指导实施。组织协调用材林、经济林基地建设以及林业产业结构调整。指导林地林木承包经营、流转管理和产权交易。负责林木种子生产、经营行政许可。组织编制林业和园林绿化产业发展规划、计划并组织实施。指导林业、园林花卉产业规模化、标准化、集约化经营。指导、协调林业和园林绿化政策性保险和投融资工作。指导协调开发森林体验、森林康养和自然教育等生态服务产品。指导林产品质量监督。指导生态扶贫相关工作。
（十三）安全防火处。负责落实综合防灾减灾规划相关要求，编制森林火灾防治规划、防护标准并指导实施。指导开展防火巡护、火源管理、防火设施建设等工作。组织指导市属国有林场开展宣传教育、监测预警、督促检查等防火工作。指导、监督林业和园林行业安全生产、应急管理等相关工作。负责局系统的安全生产、应急管理、反恐、预备役等工作。
（十四）服务监督处。负责拟定信访工作规范并组织实施。负责建立健全行业服务承诺制并组织检查、督促、落实。组织行业服务质量的考核、评估、评比工作。承担服务质量的监督工作。负责人大、政协议案、提案办理工作。负责信访维稳、社会治安综合治理和社会联动服务工作。协调处理信访、上访工作中遇到的复杂问题和重要事项。
（十五）科技处。组织编制、实施林业和园林绿化科技规划、计划。组织、指导林业和园林绿化科学研究、成果转化和技术推广工作。承担林业和园林绿化标准化、技术监督、知识产权保护和科技体系、推广体系建设。协调林业碳汇、节能减排等相关工作。组织开展对外科技交流与合作。负责林业职称评定工作。指导林业和园林技术市场和科技机构建设管理。负责指导行业协会的工作。
（十六）人事处。负责机关和指导局属单位的干部人事、机构编制、教育培训、队伍建设、劳动和社会保障、统战、侨务、外事、考核、奖惩等工作。指导行业人才队伍建设工作。负责机关离退休干部工作，指导局属单位的离退休干部工作。
机关党委。负责机关和局属单位的党群工作。
